El Consejo funciona en Pleno o en Comisiones. El Pleno se integra con los siete consejeros. Se reune una vez por semana y la presencia de cinco de ellos le permite sesionar. El Pleno tiene la facultad decisoria final.

Esta instancia resuelve sobre la designación -a través de concursos de oposición-, la adscripción, la ratificación y la remoción -mediante la resolución de quejas administrativas y denuncias-, de magistrados de Circuito y Jueces de Distrito. Los acuerdos se adoptan por mayoría simple de cuatro votos o por mayoría calificada de cinco votos.

El Consejo está facultado para expedir acuerdos generales sobre su funcionamiento. El pleno de la Suprema Corte de Justicia los puede revisar y, en su caso, revocar, así como solicitar al Consejo la emisión de acuerdos que considere necesarios para asegurar un adecuado ejercicio de la función jurisdiccional federal.