El Congreso de la Unión de los Estados Unidos Mexicanos, mediante Decretos publicados el 31 de Diciembre de 1994 y 26 de Mayo de 1995, reformó diversas disposiciones de la Constitución Política y de la Ley Orgánica del Poder Judicial de la Federación que modificaron el marco de sus atribuciones y estructura orgánica. Estas reformas implicaron la creación del Consejo de la Judicatura Federal con el objeto de aplicar las políticas, normas y lineamientos orientados a regular la administración, vigilancia, disciplina y carrera judicial del Poder Judicial de la Federación, con excepción de la Suprema Corte de Justicia de la Nación y del Tribunal Electoral, coadyuvando a la impartición de justicia ejercida a través de los Juzgados de Distrito, Tribunales Colegiados y Tribunales Unitarios de Circuito.

El Consejo de la Judicatura Federal está integrado por siete miembros de los cuales, uno es el Presidente de la Suprema Corte de Justicia de la Nación, quien también lo es del Consejo; tres Consejeros designados por el Pleno de la Corte, por mayoría de cuando menos ocho votos, de entre los Magistrados de Circuito y Jueces de Distrito; dos Consejeros designados por el Senado, y uno por el Presidente de la República. El Consejo funciona en Pleno o por Comisiones así y de conformidad con lo que establezca la ley, el Consejo estará facultado para expedir acuerdos generales para el adecuado ejercicio de sus funciones y sus decisiones serán definitivas e inatacables y, por lo tanto, no procede juicio ni recurso alguno en contra de las mismas.

Derivado de los Acuerdos Generales del Pleno del 27 de septiembre y 19 de octubre de 1995, así como de los Acuerdos de la Comisión de Administración del 21 de septiembre, 5 y 12 de octubre del mismo año, se autorizaron las estructuras orgánicas de transición de los órganos que conforman el Consejo al inicio de sus operaciones.

Las estructuras orgánicas quedaron integradas por: Ponencias de Consejeros; Comisiones Permanentes; Órganos Auxiliares, Secretarías Ejecutivas; Direcciones Generales y Órganos Administrativos; a nivel regional por Administraciones Regionales Foráneas, Extensiones Regionales del Instituto de la Judicatura Federal y Delegaciones Regionales de la Unidad de Defensoría del Fuero Federal.

Finalmente con fecha 11 de junio de 1999, se reformó el artículo 100 de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, que determina la naturaleza jurídica del Consejo de la Judicatura Federal como órgano del Poder judicial de la Federación con independencia técnica, de gestión y para emitir resoluciones.